KeyToNature Technology Transfer Day (K2N TT Day)

Trieste, 2009-06-11

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1 KeyToNature Technology Transfer Day – K2N TT DAY (EN- version)

Rapid identification of organisms: form research to industrial applications.

Presentation and Programme of the event

The development of Biodiversity Informatics and molecular biology produced the creation of new, reliable and versatile tools -interactive and/or molecular - for the identification of organisms. The EU project KeyToNature, T&B e Associati Srl and the Consortium FRIEND Europe (European Enterprise Network) are organizing a Technology Transfer event regarding new tools for the identification of organisms supporting the industry sector. During the event, some industrial application are going to be presented, with particular attention to Decision Support System applications for the field of forest-agriculture, environment, food, health system and customs control and safety.

Introduction and thematic areas

All known species have unique scientific names; a necessity for meaningful communication in science and society. In many scenarios, a name for the organism under scrutiny must first be identified. Species identification underpins ongoing scientific research. Reliable identification is also important in e.g. health care, agriculture, nature conservation, border control and represents a considerable economic value. Identification involves the comparison between an object with reference descriptions (e. g., text, illustrations, sound, or data such as molecular). For certain data types new approaches allow automated comparisons, e. g. the DNA ‘barcoding’ approach.

Traditional textual keys with fixed sequence of choices are often hard to use. Users dealing with a potentially wide range of organisms need a library of keys, and a network of specialists to consult. To improve this, computer-aided keys were introduced. Today over 100 identification software packages exist; most of which specifically deal with the identification of a certain species group, and can only be used or improved by the developer themselves. Identification of organisms is important to many layers of our society. In the science domain this concerns for example species inventories (establishing the biodiversity-value of a region), bio-monitoring activities (detecting changes in vulnerable ecosystems or invasive species, early extinction warnings), or in ecological studies.

The quick and reliable identification of organisms is essential in health care (pathogens), agriculture (pests) and fisheries (infections in maricultures). Custom officers identify species to properly enforce import and export laws. In nature conservation, identification is part of monitoring the effectiveness of strategies, for compiling species inventories (establishing the biodiversity-value of a region), for bio-monitoring activities (detecting changes in vulnerable ecosystems or invasive species, for determine the degree of biodiversity protection for an area subject to Environmental impact assessment.

The talks given by the scientist representing the research community are aimed at:

• Showcasing the best available technologies where competencies and skills are robust and able to offer a wide array of applications, that considering the world-wide situation appears a valuable opportunity for leveraging further industrial investments.
• Presenting several innovative technologies developed in the research sectors, enabling the user to underpin several applications while stimulating the creativity of the entrepreneurial community for identifying new market applications.
• Propose products, services and research results at prototype level that require a further process of industrialization to reach a fully commercial product.

The event will contribute to build pathways between industry and academia.

Targeted audience

The participation is open to enterprises, universities, research centers and public administrations that offer and require innovative and advanced technologies for the identification of organisms, for monitoring the environment and alien species or for detecting micro fungi and parasites across the total food chain.

The primary target groups of the event are:

• Farming and agro-food industries and consortia, including fish farmers and mariculture operators.
• Biotechnology and Pharmaceutical enterprises, health institutes and professionals.
• Environmental enterprises, experts and authorities including the veterinary public health institutes,
• Ports and Customs operators’ and officers in charge of the management of the import/export traffic and the application of legislation regarding the alien species traffic.
• Forest-based related industries and services, parks managing authorities, urban and environmental planning authorities and experts.
• Enterprises providing quality assurance and certification services and systems.

 Agenda

Morning session:

• 9:00 - 9:30 Registration
• 9:30 - 9:40 Welcome and introduction to Enterprise Europe Network services

Dr. Lara Dipace, AREA Science Park

• 9:40 - 10:10 The new interactive identification tools:applications in environmental and restoration field.

Prof. Pier Luigi Nimis – KeyToNature Co-ordinator, Università degli Studi di Trieste, Dipartimento di Scienze dellla Vita

• 10:10 – 10:30 Decision and support systems: from tools for Identifying components in milk powders to identification of bird feather remains found in crashed airplane engines.

Dr. Peter Schalk, ETI Bioinformatics

• 10:30 – 10:50 Identification of fungi contaminating food products and indoor environment.

Dr. Giovanna Cristina Varese, Università degli Studi di Torino, Dipartimento di Biologia Vegetale

• 10:50 - 11:10 Pathogenic fungi affecting crop cultures: an example of interactive guide to rice fungi.

Prof. Anna Maria Picco / Dr. Marinella Rodolfi, Università di Pavia, Dipartimento di Ecologia del Territorio e degli Ambienti Terrestri.

• 11:10 – 11:30 Cofee Break
• 11:30 – 11:50 Fungi growing on keratin: an interactive key for their identification.

Dr. Maria Guglielminetti, Università di Pavia, Dipartimento di Ecologia del Territorio e degli Ambienti Terrestri.

• 11:50 – 12:10 Distinction between the Arabic and Robusta coffee blends, cultivar identification and biological traceability.

Prof. Giorgio Graziosi, Università degli Studi di Trieste, Dipartimento di Scienze dellla Vita.

• 12:10 - 12:30 The DNA barcoding in the distinction of animal and plants species.

Dr. Massimo Labra / Dr. Maurizio Casiraghi, Università di Milano Bicocca, Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze.

• 12:30 - 12:40 Development of microarrays for biological, environmental and agro-food systems

Dr. Anna Meneghello, Coordinamento Interuniversitario Veneto per le Nanotecnologie - CIVEN

• 12:40- 12:50 Opportunities to support technology transfer actions in the Friuli, Venezia Giulia Region.

Dr. Adriano Savoini, T&B e Associati srl.

• 12:50 - 13:10 Discussion

• 13:10 Lunch Break

Afternoon session:

• 14:00 - 17:00 Bilateral meetings (on demand).

During the bilateral meetings the participants will have the opportunity to discuss, exchange information and present their technological profiles verifying the potential for future collaboration or for building joint cooperation and/or technology transfer actions to be carried out at national and international level, such as license agreements, development of joint ventures, commercial, manufacturing or technical assistance agreements, or any other agreement aimed at producing or carrying out further research in the targeted fields.

Cost

• The participation is free of charge.
• The pre-registration is highly recommended, please send an email to [infodesk@tbassociati.it].

Contacts and information

• Dr Adriano Savoini, savoini@tbassociati.it , Tel: +390403755780
• Mr Nicola Dorigo Salamon, dorigo@tbassociati.it, Tel: +390403755780

How to get to the Campus

• Address: AREA Science Park, Congress Centre, Building C, Padriciano 99, Trieste

By car

• From Venice take the A4 motorway and exit at the Trieste – Lisert junction (toll gate), continue along the feeder road until you come to the Padriciano – Research Area exit.
• From Udine and Austria take the A23 motorway until Palmanova, continue along the A4 motorway and exit at the Trieste – Lisert junction (toll gate), continuing along the feeder road until you come to the Padriciano – Research Area exit.
• From Ljubljana (Slovenia) after the international Fernetti pass, take the motorway feeder road in the direction of Trieste until you come to the Padriciano – Research Area exit

By air

• From Ronchi dei Legionari airport - Trieste (40 km)
• From Tessera airport - Venice (135 km)
• From Brnik airport - Ljubljana (100 km)

• By train : Trieste Central station (Stazione Centrale)

By public transport

• Bus lines 39 and 51 depart from the centre of Trieste and terminate in Padriciano and Basovizza. Time table and route information

If you require a taxi, contact:

• Radiotaxi: tel.040 - 307730
• Taxi Alabarda: tel. 040-390039

• Photos of the event link to Flickr: [1]

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Testo in italiano:

2 KeyToNature Technology Transfer Day – K2N TT DAY (IT version)

L'identificazione rapida di organismi: dalla ricerca alle applicazioni industriali.

Scarica la presentazione e programma della giornata

Lo sviluppo della Biodiversity Informatics e della biologia molecolare hanno portato alla generazione di nuovi, affidabili e versatili strumenti per l’identificazione degli organismi - di tipo interattivo e/o molecolare. Il progetto europeo KeyToNature (coordinato dall’Università di Trieste, Dipartimento di Scienze della Vita), T&B e Associati srl e il Consorzio FRIEND Europe (European Enterprise Network) organizzano un evento di Trasferimento Tecnologico nel settore dei nuovi strumenti di identificazione degli organismi a sostegno delle attività produttive. L’evento presenterà alcuni casi di successo che dimostrano come queste applicazioni possano diventare un vero e proprio Decision Support System in ambito agricolo-forestale, ambientale, alimentare, sanitario e dei controlli e sicurezza doganale.

Introduzione ed aree tematiche

Tutte le specie conosciute hanno nomi scientifici univoci, un prerequisito per una comunicazione significativa, condivisa ed efficace sia nel campo della scienza che della società. In molti settori, però, l’identificazione di un organismo può essere problematica. Le tradizionali chiavi d’identificazione di tipo testuale offrono uno schema fisso di scelte sequenziali e sono spesso difficili da usare. Al contrario, le nuove chiavi computer-aided sono molto più efficaci e possono venir usate anche da non-specialisti. Inoltre, per alcuni tipi di organismi, i dati molecolari permettono confronti automatizzati, ad esempio utilizzando l’ approccio del DNA 'Barcoding'.

Lo sviluppo attuale e futuro di questi strumenti rappresenta un contributo importante per l’implementazione di applicazioni innovative nel settore sanitario (patogeni umani), in agricoltura (parassiti), nella pesca (infezioni in maricultura), nell’industria alimentare e farmaceutica (microfunghi) fino al controllo delle dogane (rispetto delle leggi che regolano i flussi di importazione ed esportazione). I nuovi strumenti d’identificazione possono essere utilizzati per monitorare l'efficacia delle strategie di conservazione della natura, per definire il valore della biodiversità di una regione/area, per attività di biomonitoraggio (rilevamento di inquinanti e delle modifiche di ecosistemi vulnerabili o specie invasive) e per studi di Valutazione di Impatto Ambientale.

Gli interventi da parte del mondo della ricerca scientifica avranno l’obiettivo di:

• segnalare le tecnologie in cui le competenze sono più ampie e che, osservando il contesto mondiale, appaiono come opportunità di investimento industriale di considerevole valenza.
• presentare alcune tecnologie all’avanguardia sviluppate nell’ambito della ricerca, con grande capacità di attrazione tecnologica e che possano stimolare l’ingegno del mondo imprenditoriale per individuare applicazioni di mercato.
• proporre prodotti, servizi, risultati di attività di ricerca al livello di prototipo funzionante e che richiedono un processo di industrializzazione per realizzare un prodotto commerciabile.

La giornata vuole contribuire alla costruzione di “passerelle” tra industria ed accademia.

A chi si rivolge?

I destinatari principali dell’evento sono:

• Imprese e consorzi agricoli e agro-alimentari, imprese ittiche e maricultura.
• Imprese farmaceutiche, Istituti, professionisti e operatori sanitari.
• Imprese, professionisti, esperti ed autorità ambientali, Istituti di zooprofilassi,
• Pubbliche amministrazioni, operatori portuali e doganali incaricati della gestione dei flussi in import ed export ed all’applicazione della legislazione in materia di specie aliene.
• Aziende forestali, Gestori di parchi, aree verdi, aziende di pianificazione e gestione del territorio e valutazione ecologica.
• Enti di certificazione per sistemi di qualità.

Agenda

Sessione mattutina:

• 9:00 - 9:30 Registrazione
• 9:30 - 9:40 Benvenuto ed intoduzione ai servizi Enterprise Europe Network

Dr. Lara Dipace, AREA Science Park.

• 9:40 - 10:10 I nuovi strumenti di identificazione interattiva: applicazioni in campo ambinetale e nel restauro dei monumenti.

Prof. Pier Luigi Nimis – KeyToNature Co-ordinator, Università degli Studi di Trieste, Dipartimento di Scienze della Vita.

• 10:10 – 10:30 Decision and support systems: from tools for Identifying components in milk powders to identification of bird feather remains found in crashed airplane engines.

Dr. Peter Schalk, ETI Bioinformatics.

• 10:30 – 10:50 Identificazione dei funghi contaminanti di alimenti e ambienti indoor.

Dr. Giovanna Cristina Varese, Università degli Studi di Torino, Dipartimento di Biologia Vegetale.

• 10:50 - 11:10 Funghi patogeni delle colture: un esempio di guida interattiva per il riso.

Prof. Anna Maria Picco / Dr. Marinella Rodolfi Università di Pavia, Dipartimento di Ecologia del Territorio e degli Ambienti Terrestri.

• 11:10 – 11:30 Pausa Caffe
• 11:30 – 11:50 Funghi che crescono sulla cheratina: una chiave interattiva per la loro identificazione.

Dr. Maria GuglielminettiUniversità di Pavia, Dipartimento di Ecologia del Territorio e degli Ambienti Terrestri.

• 11:50 – 12:10 Distinzione fra i caffè Arabica e Robusta, identificazione delle cultivar e tracciabilità biologica.

Prof. Giorgio Graziosi / Prof. Alberto Pallavicini, Università degli Studi di Trieste, Dipartimento di Scienze dellla Vita.

• 12:10 - 12:30 Il DNA barcoding nella discriminazione delle specie animali e vegetali.

Dr. Massimo Labra / Dr. Maurizio Casiraghi, Università di Milano Bicocca, Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze.

• 12:30 - 12:40 Sviluppo di microarrays per sistemi biologici, ambientali ed agroalimentari.

Dr. Anna Meneghello, Coordinamento Interuniversitario Veneto per le Nanotecnologie - CIVEN.

• 12:40- 12:50 Opportunità a supporto del trasferimento tecnologico in Friuli-Venezia Giulia.

Dr. Adriano Savoini, T&B e Associati Srl.

• 12:50 - 13:10 Discussione

• 13:10 Pausa Pranzo

• Sessione pomeridiana:

• 14:00 - 17:00 Incontri bilaterali su richiesta.

Negli incontri bilaterali i partecipanti avranno l’opportunità di discutere, scambiare informazioni e presentare profili tecnologici per verificare potenziali future collaborazioni.

Costo

• La partecipazione all'evento è gratuita.
• · E’ richiesta la pre-registrazione tramite l’invio di una e-mail al seguente indirizzo: infodesk@tbassociati.it

Contatti e informazioni

• Dr Adriano Savoini, [savoini@tbassociati.it] , Tel: +390403755780
• Mr Nicola Dorigo Salamon, [dorigo@tbassociati.it], Tel: +390403755780

Come arrivare?

In macchina:

• Da Venezia prendere l'autostrada A4 e uscire al casello Trieste - Lisert; proseguire per il raccordo autostradale fino all'uscita Padriciano - Area di Ricerca.
• Da Udine e dall'Austria seguire l'autostrada A23 fino a Palmanova; proseguire per la A4 fino al casello Trieste - Lisert e prendere il raccordo autostradale fino all'uscita Padriciano - Area di Ricerca.
• Da Lubiana (Slovenia) dopo il valico internazionale di Fernetti prendere il raccordo autostradale in direzione Trieste fino all'uscita Padriciano - Area di Ricerca .

In aereo:

• Dall'aeroporto di Ronchi dei Legionari - Trieste (40 km).
• Dall'aeroporto di Tessera - Venezia (135 km).
• Dall'aeroporto di Brnik - Ljubljana (100 km).

In treno: Stazione di Trieste Centrale (a 10 km da AREA, in centro città).

In autobus: Le linee di collegamento con il centro di Trieste sono la 39 e la 51.

In taxi: Radiotaxi (tel. 040–307730), Taxi Alabarda (tel. 040-390039).